国家杨凌农业综合试验工程技术研究中心以我校食品科学与工程学院、园艺学院为技术依托单位，以西北特色农产品的安全、营养、功能为核心，以标准化农艺工程、设施园艺工程、农产品质量安全工程和农产品功能化循环加工工程为手段，系统构建西北特色农产品营养功能化循环加工工程技术平台、农产品质量安全检测、监测、评价、控制技术平台，构筑面向西北特色农产品生产企业集群服务的绿色安全保护屏障。 国家杨凌农业综合试验工程技术研究中心1991年由原武功农业科研中心协调委员会申请立项，1992年国家科技部批准成立，主管部门为陕西省人民政府。2011年中心以我校为技术依托单位顺利通过科技部评估验收。2013年，根据《科技部关于同意国家杨凌农业综合试验工程技术研究中心等 3 个国家工程技术研究中心变更依托单位的批复》精神，国家杨凌农业综合试验工程技术研究中心的依托单位由杨凌农业高新技术产业示范区变更为西北农林科技大学。
